Фамилия Малачинская — женская форма от Малачинский, и её стоит разбирать именно через мужской вариант, потому что в русской традиции фамилии на -ский/-цкий чаще всего образовывались от географических названий. Основа здесь — топоним Малачино или Малачин. Такие деревни или сёла с названием Малачино действительно встречаются, например, в Беларуси и на западе России. Название населённого пункта, в свою очередь, скорее всего, восходит к прозвищу или имени Малача — уменьшительной форме от имени Малафей (просторечный вариант Мефодий) или от слова «малый» (в значении «младший», «невысокий»). В белорусском и украинском языках «малача» могло означать «молокосос», «молодой человек», что тоже могло закрепиться как прозвище.

Суффикс -ский в фамилии Малачинский — типичный для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для духовенства. В Российской империи фамилии на -ский часто получали выпускники семинарий: им давали фамилии по названию родного села или по церковному празднику. Поэтому среди носителей Малачинских могли быть как потомки мелкой шляхты, владевшей хутором Малачино, так и священники, которым «присвоили» фамилию по месту службы. Встречается и менее вероятная версия: что основа — «малахай» (шапка или нерасторопный человек), но она плохо стыкуется с суффиксом -ин-, который в этом случае указывал бы на принадлежность («сын Малахая»), а не на местность.

Географически фамилия Малачинская (и Малачинский) тяготеет к западным областям — Брестской, Гродненской, Волынской, а также к Смоленщине. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, привязанных к маленькому хутору или деревне. Если ваш предок — Малачинский, то с высокой вероятностью он происходил из крестьян или однодворцев западных губерний, а если Малачинская — то это либо жена, либо дочь такого человека. Ударение в фамилии, судя по аналогиям, падает на второй слог: Мала́чинская.