Основой фамилии Малахутина послужило церковное имя Малафей. Имя Малахута, вероятно, является просторечным вариантом имени Малафей, которое в переводе с древнееврейского означает «мой посланец». В обиходе часто встречались такие формы этого имени, как Малахий, Малаха. Вероятно, имя Малахута было образовано от формы Малаха. Скорее всего, основатель рода Малахутиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малахута, со временем получил фамилию Малахутина.