Фамилия Малахутина образована от имени Малахута — просторечной, народной формы церковного имени Малафей. В переводе с древнееврейского это имя означает «мой посланец». В быту имя бытовало в разных вариантах: Малахий, Малаха. Скорее всего, имя Малахута возникло именно от формы Малаха с помощью уменьшительного или обиходного суффикса. Человек с таким именем, как правило, принадлежал к простому сословию — в крестьянской или посадской среде церковные имена часто переделывали на свой лад. Со временем потомков этого человека стали называть Малахутиными. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Малахуты. Фамилия довольно редкая и сохраняет в своей основе живую разговорную форму, которая почти не встречается в документах в качестве самостоятельного имени.