Фамилия Малахута — редкий пример фамилии, образованной напрямую от прозвища, без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). В таком виде она застыла, как в именительном падеже, что характерно для украинской или белорусской традиции, а также для так называемых «фамилий-прозвищ» у казаков. Человек по прозвищу Малахута, скорее всего, был заметен окружающим какой-то яркой чертой, которая и закрепилась за его потомками.

Корень фамилии — «малах» — отсылает к слову «малахай». Это не только меховая шапка с широкими ушами, но и переносное значение: так в южнорусских и украинских говорах называли нерасторопного, вялого или простоватого человека. Вторая часть — «-ута» — характерный для украинского языка суффикс, часто придающий слову оттенок пренебрежительности или уменьшительности, как в словах «малюта» (маленький), «старута» (старик). Таким образом, Малахута — это «тот, кто носит малахай» или, что более вероятно, «неповоротливый, мешковатый человек».

Версия с шапкой тоже имеет право на жизнь: прозвище могли дать человеку, который не снимал малахай даже в теплую погоду или выделялся своей шапкой среди других. В украинских сёлах, где малахай был скорее зимним головным убором, такая деталь бросалась в глаза.

Фамилия Малахута почти не встречается в центральных и северных областях России. Её ареал — Украина, особенно её западные и центральные регионы, а также смежные с ними области России (Белгородская, Курская, Воронежская). Это типичная фамилия крестьянского или казацкого сословия, где прозвища давались метко и без затей, часто по внешнему виду или характеру.

Встречаются варианты написания с одной «х» — Малаута, но это результат упрощения при записи фамилии в документах. Исходная форма с «х» более точно передает как звучание, так и происхождение от «малахая».