Фамилия Малакшанова — женская форма мужской фамилии Малакшанов. Она редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ов- (типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «чей?» — Малакшанов, то есть сын или потомок Малакшана). Основа — «Малакшан». Это имя или прозвище, скорее всего, тюркского или монгольского происхождения.

Вероятнее всего, в основе лежит слово «малакша» или «малакшан», восходящее к тюркскому «малак» (скот, имущество) с аффиксом принадлежности или уменьшительности. В таком случае прозвище Малакшан могли дать человеку, который был скотоводом, имел много скота, либо, наоборот, был беден (ироничное прозвище). В тюркских языках «малак» также может означать «нежный», «мягкий», «изнеженный» — тогда прозвище характеризовало бы спокойный, мягкий нрав.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с монгольским «мал» (скот) и суффиксом -шан, образующим имя по занятию. В бурятской и калмыцкой ономастике встречаются фамилии с похожей структурой, например, Малакшиновы. Географически фамилия Малакшанова может быть привязана к регионам, где исторически жили тюркские и монгольские народы: Поволжье (татары, башкиры), Урал, Сибирь, а также юг России (калмыки). Русский суффикс -ов указывает на то, что фамилия была русифицирована в процессе межэтнических контактов, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крещёным инородцам давали фамилии по отцу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Малакшин, Малакшев, Малакшанов. Все они образованы от одной основы, но разными способами. Фамилия Малакшанова выделяется суффиксом -ан-, который в тюркских именах часто служит для усиления или обозначения лица (сравните с именами типа Алмашан, Тугашан). Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, которого в русском делопроизводстве записали по имени отца — Малакшан. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известному роду нет — фамилия крестьянская или мещанская, что типично для поздних искусственных фамилий, закреплённых после ревизий.