Фамилия Малаканова — женская форма, а мужская — Малаканов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Малакан. Слово «малакан» имело несколько значений. В южнорусских говорах так называли человека невысокого роста, коренастого, плотного — от тюркского «малакай» (небольшой, низкорослый). В других диалектах малаканом могли назвать медлительного, вялого человека. Есть и версия, что прозвище восходит к «малакать» (молотить, бить) — в этом случае Малаканом могли прозвать драчуна или, наоборот, того, кто работает на молотьбе.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) — стандартная русская модель образования фамилий, указывающая на принадлежность: «сын Малакана». Такая модель преобладает в центральной и северной России, а также в Поволжье. Фамилия Малаканов встречается преимущественно в Волгоградской, Ростовской областях и в Ставропольском крае — регионах, где исторически смешивались русские, украинские и тюркские говоры. Это косвенно подтверждает южнорусское происхождение основы.

Интересно, что фамилия Малаканов (Малаканова) не имеет отношения к молоку или молочным продуктам, хотя внешне напоминает слово «малако» (диалектное «молоко»). Это случайное звуковое совпадение: корень здесь другой, тюркский или диалектный русский.

В ономастических справочниках фамилию нередко сравнивают с однокоренными Малахов, Малашёв — но там основа от имени Малахия или Малафей, а здесь иная, прозвищная природа. Фамилия редкая, не входит в списки самых распространённых, но имеет чёткую географическую привязку и прозрачную, хотя и не единственную, этимологию.