Фамилия Малаканов — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. На первый взгляд кажется, что корень «малак» отсылает к чему-то маленькому, возможно, к диалектному «малака» — так в некоторых говорах называли невысокого человека или детёныша животного. Однако более надёжная и исторически обоснованная версия связывает фамилию с тюркским словом «малак» — «скот», «животное». В этом случае прозвище Малакан могли дать пастуху, скотоводу или владельцу крупного стада. Тюркская основа не редкость для русских фамилий южных и восточных регионов, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Малаканов буквально означает «сын Малакана». Само прозвище Малакан образовано с помощью уменьшительного суффикса -ан, который в русских говорах придавал слову оттенок ласкательности или принадлежности. Таким образом, исходное прозвище могло значить «маленький пастушок» или «скотинка» — не в обидном, а скорее в бытовом, описательном смысле.

Географически фамилия Малаканов встречается в основном в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где с XVII века активно селились переселенцы и где тюркские заимствования в языке были обычным делом. Встречается вариант написания через «о» — Молоканов, но его путать с фамилией от слова «молоко» не стоит: это разные корни, хотя в бытовом произношении они могли сливаться.

Сословной привязки у фамилии нет: Малакановы могли быть и крестьянами, и однодворцами, и казаками. Поскольку основа связана с хозяйственным занятием, а не с именем собственным, скорее всего, фамилия закрепилась за людьми, чей род деятельности был хорошо известен в округе. Известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — это редкий случай, когда фамилия не «раскручена» громкими носителями, а сохранилась в локальных крестьянских и мещанских родах.