Фамилия Малаханова — женская форма от Малаханов, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем. В основе лежит церковное имя Малафей, которое пришло из древнееврейского и означает «мой посланец». В русской обиходной среде это имя давало множество просторечных вариантов: Малахий, Малаха и, наконец, Малахан. Скорее всего, форма Малахан образовалась от более короткой основы Малаха через добавление суффикса -ан, который был характерен для разговорной, неофициальной речи.

Принадлежность фамилии к модели на -ов (-а) указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком из простого сословия — крестьянином или мещанином. В среде дворянства и духовенства такие фамилии на -ов встречались реже, там предпочитали более книжные формы (Малахиев, Малафеев). Таким образом, потомок человека по имени Малахан, прозванного в быту за своё имя, со временем получил фамилию Малахановы.

Интересно, что фамилия Малаханов (и Малаханова) встречается гораздо реже, чем однокоренные Малафеев или Малахов. Это говорит о том, что форма Малахан была локальной, возможно, закрепившейся в определённых говорах или в одной конкретной местности. Если искать географическую привязку, то такие «стяжённые» варианты имени чаще фиксировались на юге России и в Поволжье, где народная этимология активнее сокращала и переиначивала церковные имена.