Фамилия Малахаев — наглядный пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, дало начало целому роду. В основе лежит каноническое мужское имя Малахий, пришедшее из древнееврейского. В переводе оно означает «посланник мой» или «вестник Бога». В русской бытовой среде это имя, как и многие другие, подверглось упрощению: полное Малахий превратилось в разговорную форму Малахай. Именно от неё и образовали фамилию с помощью стандартного патронимического суффикса -ев, который указывал на принадлежность: Малахаев — сын Малахая.

Фамилия относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. Церковь почитает пророка Малахия 16 января (по старому стилю — 3 января). С этим днём в народе связывали немало поверий, главным образом — о защите от ведьм. Считалось, что именно на Малахия голодные ведьмы особенно опасны и могут «задаивать» коров до смерти. Чтобы уберечь скотину, над воротами привязывали сальную свечу. По приметам, ведьму можно было распознать по сгорбленной фигуре, сморщенному лицу, сросшимся бровям, крючковатому носу и заметной бородавке. Если же она входила в дом, советовали предложить ей стул, под сиденьем которого крестообразно лежали раскрытые ножницы — от такого сиденья ведьма должна была отказаться, поскольку боялась креста. Оберегами от порчи служили мыло или ладан за пазухой, две иглы накрест против сердца, хмель в сапоге, а также «живые помощи» на поясе. Коса, в пороге, или нож с иголкой, воткнутые над дверью, охраняли от колдунов. Считалось, что от всех скорбей помогают травы «петров крест» и «адамова голова», а земля с семи могил добрых людей спасает от любых бед.

О точном месте и времени возникновения фамилии Малахаев сегодня говорить сложно. Процесс формирования русских фамилий был долгим, и крестьянские семьи часто получали их окончательно лишь к XIX веку. Тем не менее, фамилия Малахаев — это не просто запись в документах, а живой след языка, сохранивший древнее имя и народные верования, связанные с днём его почитания.