Фамилия Малахатько — редкий случай, когда народная этимология почти наверняка совпадает с реальной. В её основе лежит прозвище, которое складывается из двух корней: «малый» и «хата». Человек по прозвищу Малахатько — это крестьянин, живший в тесной, ветхой избе, владелец скудного хозяйства. Такие прозвища давали не в насмешку, а для бытового опознания: «вон тот, что в малой хате живёт». Со временем прозвище закрепилось за его потомками.

Словообразовательная модель проста: основа «малахат(а)» (стяжение от «малая хата») плюс украинский суффикс -к(о), который в фамилиях указывает на происхождение от прозвища или имени. Фамилии на -ко (Малахатько, Шевченко, Бондаренко) характерны для Украины и юга России. Ударение, судя по произношению, падает на последний слог: Малахатько́, что тоже типично для украинской модели.

Версия о восточном происхождении фамилии — от мусульманского имени Малохат (араб. «прелесть») — маловероятна. Такое объяснение появляется из-за внешнего сходства звучания, но оно не выдерживает проверки: во-первых, фамилия имеет прозрачную славянскую внутреннюю форму, во-вторых, суффикс -к(о) абсолютно чужд тюркской или арабской ономастике. Скорее всего, эту гипотезу выдвинули, не разобравшись в словообразовании.

Интересно, что фамилия Малахатько почти не встречается за пределами восточнославянского ареала. Это говорит о её локальном, крестьянском происхождении. Сословно предки были, скорее всего, из малоземельных или безземельных крестьян — именно для них «малая хата» была не метафорой, а бытовой реальностью.