Фамилия Малахаев образована от просторечной формы канонического имени Малахия. Это имя пришло в русский язык из древнееврейского и означает «посланник мой». В православном календаре день пророка Малахии приходится на 16 января — с этим днём в народе связывали поверья о ведьмах, которые якобы могли задаивать коров до смерти. Чтобы уберечься, крестьяне привязывали над воротами сальную свечу, а в доме прятали крестообразно раскрытые ножницы под стул — считалось, что ведьма ни за что на него не сядет.

Модель образования фамилии проста: к основе Малахай добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Малахаев). Такие фамилии обычно получали дети или потомки человека, которого в быту звали Малахаем. В отличие от фамилий на -ов, где ударение часто падает на основу, в фамилии Малахаев оно традиционно приходится на последний слог, что характерно для южнорусских и украинских говоров.

В народной памяти имя Малахия обросло не только церковными, но и бытовыми суевериями. Ведьму, по поверьям, можно было узнать по сгорбленной фигуре, сморщенному лицу и сросшимся бровям. От её порчи спасали мыло за пазухой, ладан, две иглы накрест против сердца или «живые помощи» на поясе. В ход шли и травы — петров крест да адамова голова, а земля с семи могил добрых людей считалась защитой от всех бед. Эти детали не связаны напрямую с происхождением фамилии, но показывают, в какой культурной среде жили носители имени Малахай.

Сейчас фамилия Малахаев встречается нечасто. Основные очаги расселения — юг России и восток Украины, где просторечные формы библейских имён держались дольше, чем в центральных губерниях. Однокоренные фамилии — Малахов, Малахиев — более распространены, но именно Малахаев сохранил живую разговорную форму имени, почти исчезнувшую из современного русского именослова.