Фамилия Маласькин — редкий пример, где суффикс «-кин» указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на «-ка». В русской ономастике суффикс «-ин» (и его фонетический вариант «-кин») присоединялся к основам на -а/-я, образуя притяжательные прилагательные: «чей сын?» — Маласькин. Основа здесь — «Маласька», уменьшительная или пренебрежительная форма от имени или прозвища.

Корень «Малась-» почти наверняка восходит к слову «малый» (маленький, невысокий). В диалектах и просторечии «маласька» могло означать «малыш», «коротышка», «младший в семье». Возможна и связь с именем Маласий (каноническое Малахия, от древнееврейского «посланник Бога»), но в быту имя давало формы Малаха, Малашка, а «Маласька» — скорее местное, диалектное видоизменение от «малый». В пользу прозвища говорит и то, что фамилия не имеет церковного «налёта»: прозвища по росту и возрасту давали чаще, чем по редкому святому.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где аканье и смягчение согласных («малый» → «малас(ь)ка») встречались чаще. В документах XIX века подобные фамилии встречаются среди крестьян и мещан Курской, Воронежской, Харьковской губерний. Дворянской фамилия не была — суффикс «-кин» в среде высшего сословия почти не встречался, зато типичен для простонародья.

Интересно, что у фамилии есть «двойники»: Малашкин, Малахов, Малкин, Малютин. Но Маласькин стоит особняком из-за вставного «с» (сравните: «малаха» — «малашка», но «малас(ь)ка»). Это мог быть результат индивидуального произношения или описка писаря, закрепившаяся в роду. В любом случае, предок носителя фамилии — человек, которого в округе звали уменьшительно «Маласька»: либо за маленький рост, либо как младшего сына, либо за детскую внешность.