Фамилия Малдыбаева происходит от мужской формы Малдыбаев, которая образована по стандартной для тюркских языков модели: основа + аффикс принадлежности -бай (богатый, господин) + русский патронимический суффикс -ев. Первая часть — «малды» — восходит к тюркскому слову «мал» (скот, имущество, богатство) с показателем принадлежности -ды, то есть «имеющий скот». Таким образом, Малдыбай — составное имя-пожелание, которое в дословном переводе означает «богатый скотом» или «владелец скота». В кочевых обществах Центральной Азии скот был главным мерилом достатка, поэтому подобные имена давали мальчикам, желая им благополучия и хозяйственного успеха.

Фамилия Малдыбаева характерна для народов, говорящих на киргизском и казахском языках. В этих культурах имена с компонентом -бай были чрезвычайно распространены: достаточно вспомнить такие фамилии, как Баймуратов, Байгазиев, Байбеков. Отличие Малдыбаева в том, что первая часть не просто указывает на богатство, а конкретизирует его источник — домашний скот. Это даёт основание предполагать, что предок носителя фамилии занимался скотоводством и, вероятно, был зажиточным человеком в своей общине.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Малдыбаева стоит в ряду так называемых «байских» фамилий, но с редким уточняющим элементом. Если фамилии вроде Баймурзаев или Байназаров указывают на социальный статус или личное качество, то Малдыбаев привязывает статус к конкретному виду хозяйства. Это делает фамилию не просто родовым именем, а своеобразным социально-экономическим маркером: предки носителя были не просто богатыми людьми, а именно скотовладельцами.

В русской записи фамилия сохранила типичное окончание -ев, которое добавилось при оформлении документации в период Российской империи. Женская форма Малдыбаева — это естественное грамматическое изменение по роду, принятое в русском языке для тюркских фамилий. Варианты написания с буквой «ы» после «л» (Малдыбаев, а не Малдибаев) указывают на твёрдое произношение корня, что характерно для киргизского и казахского языков, где гласные заднего ряда не смягчают предшествующие согласные.

Ономастических данных о точном времени возникновения фамилии нет, но по косвенным признакам — использование компонента -бай в именах активно в XVIII–XIX веках, а массовое закрепление фамилий у тюркских народов произошло в конце XIX — начале XX века. Таким образом, фамилия Малдыбаева могла сложиться в этот период, когда скотоводческие прозвища и имена-пожелания начали передаваться по наследству как родовые.