Фамилия Мальганов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачность корня. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от имени или профессии, у Мальгановых основа вызывает вопросы, и ответ на них, скорее всего, лежит на карте.

Вероятнее всего, фамилия происходит от названия населённого пункта. В России есть несколько топонимов с корнем «Мальг»: например, деревня Мальгино или речка Мальга в Вологодской области. Если предок был выходцем из такого места, его могли записать как «Мальганов» — то есть «прибывший из Мальги» или «житель с Мальги». Такая модель образования (от названия места через суффикс -ан-) встречается, но не так часто, как стандартные -ов/-ев от личных имён.

Вторая версия — прозвищная. В северных и сибирских говорах «мальга» могло означать нечто маленькое, незначительное, либо человека с какой-то физической особенностью. Однако надёжных словарных подтверждений этому слову в значении прозвища нет. Соблазнительно связать фамилию с «мальган» (старое название марганца или руды), но это натяжка: профессиональные прозвища «по руде» обычно давали не через -ан-, а через -щик или -арь.

Суффикс -ов указывает, что фамилия оформилась в среде великорусского населения, вероятнее всего, на севере или северо-востоке европейской части России. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в Вологодской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает топонимическую версию.

Однокоренных фамилий мало: Мальгин (от имени Мальга — уменьшительная форма от Малафей или Мал) и Мальганов — разные по сути. Мальгин — от личного имени, а Мальганов — скорее от места. Если ваш род происходит из тех краёв, скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по названию деревни, где жили. Точнее сказать без генеалогического исследования сложно — слишком редкая основа.