Фамилия Малгельдинова принадлежит к числу редких и территориально привязанных. Её основа, скорее всего, восходит к топониму — названию населённого пункта Малгельды или Малгельдино. Такие названия встречаются в Башкортостане и Оренбургской области, где распространены тюркские корни. «Мал» в тюркских языках означает «скот», а «гельды» (от «келды») — «пришёл» или «прибыл». Таким образом, топоним мог означать «место, где пригнали скот» или «скот прибыл». Фамилия, образованная от такого названия, указывает на то, что предок носителя был выходцем из этого селения или владел землёй в тех краях.

Суффикс «-ин» в фамилии Малгельдинова — типичная русская модель образования притяжательных фамилий от основ на -а/-я. Исходная форма — Малгельдин — фамилия мужского рода, а женская форма Малгельдинова указывает на принадлежность к роду. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые чаще образовывались от имён или прозвищ, фамилии на «-ин» нередко возникали именно от географических названий, особенно в регионах, где смешивались русские и тюркские традиции.

География фамилии узкая. Основные носители сосредоточены в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко по России, а осталась в местах первоначального бытования. Возможно, предки Малгельдиновых были башкирами или татарами, которые приняли русскую фамилию по названию своей деревни, или же русскими переселенцами, взявшими фамилию по месту жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Малгельдин, Малгельды, показывает, что в основе лежит именно топоним, а не личное имя. Встречаются также варианты написания через «е» — Малгельдинов, что связано с особенностями произношения в тюркских языках. Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам — это крестьянская или казачья фамилия, возникшая в XIX веке, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по названиям деревень.