Фамилия Малиндра — редкая и звонкая, её происхождение не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а прозвище, скорее всего, связанное с внешностью или характером человека.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для русских фамилий. Суффиксы -ов, -ин, -ский отсутствуют, а окончание -а указывает на то, что перед нами, вероятнее всего, украинская или белорусская фамилия, где такие формы в мужском роде обычны (ср. Шевченко, Сковорода, Паливода). В украинской ономастике фамилии на -а, -я часто происходят от прозвищ, которые давались по какому-то яркому признаку.

Корень «мал» сразу наводит на мысль о значении «маленький», «невысокий». Вторая часть «-индра» может быть искажённым суффиксом или остатком другого слова. Самая правдоподобная версия — это сложение двух основ: «малый» и «индрик» или «индра». «Индрик» в старину — фантастический зверь, единорог из русских легенд, а в южнославянских и украинских говорах «индриком» могли называть индюка или просто что-то чужеродное, диковинное. Таким образом, Малиндра — это «маленький индрик» или «маленький диковинный зверь». Прозвище могли дать человеку невысокого роста с необычной, может быть, взъерошенной внешностью или с каким-то броским, чудаковатым поведением.

Вторая, более прозаичная версия, связывает фамилию с литовскими корнями. В литовском языке есть слово «malindras» — «обжора», «ненасытный». Учитывая близость литовских и белорусских земель, такое прозвище могло перекочевать в местный говор и закрепиться как фамилия. Тогда Малиндра — это прозвище человека с отменным аппетитом, возможно, плотного телосложения.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современная Украина, Беларусь, юго-запад России. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, прозвище дали одному человеку в конкретной деревне, и его потомки разнесли фамилию по окрестностям. Сословных ограничений не было: Малиндрой мог быть и крестьянин, и казак, и мещанин.

Итог прост: ваш предок получил яркое, запоминающееся прозвище — либо за малый рост и необычный вид, либо за неумеренный аппетит. В любом случае, он был заметной фигурой в своей среде, раз прозвище прижилось и стало родовым именем.