Фамилия Малинников принадлежит к древнему пласту русских семейных именований, образованных от мирского имени или прозвища. В её основе лежит слово «малинник». Толковать эту основу можно по-разному, и в этом кроется главный интерес для того, кто ищет свои корни.

Самое прямое и очевидное значение — «малиновый куст», «заросли малины». В дохристианской Руси было распространено имя Малинник. Родители давали его ребёнку, желая, чтобы природа приняла его как своего, чтобы он унаследовал от растения силу, сладость и красоту. Такие «растительные» имена — Малина, Калина, Дуб — были формой языческого оберега.

Вторая версия отталкивается от прозвища Малинник, которое могли дать торговцу или производителю малинового мёда. На Руси малиновый мёд ценился как лакомство и лекарство, и человек, знавший секрет его приготовления, получал прозвище по своему ремеслу. Со временем оно закрепилось за его семьёй.

Третий возможный источник — топоним. В России существует несколько деревень с названием Малинники (например, в Тверской и Ярославской областях). Выходец из такого села получал прозвище Малинник, а его дети становились Малинниковыми — по месту, откуда пошёл род.

Наконец, не стоит сбрасывать со счетов народную этимологию, связывающую фамилию с корнем «мал-». В этом случае прозвище Малинник могло означать «маленький» и относиться к невысокому росту предка. Однако эта версия менее убедительна, так как суффикс -ник- в слове «малинник» прочно привязан к собирательному значению (заросли, кустарник), а не к уменьшительному.

Малинниковы — фамилия, разбросанная по разным регионам. В Книге памяти Калужской области упоминается Василий Федорович Малинников 1883 года рождения, уроженец деревни Шуаврово Ельнинского района Смоленской области. Там же встречается запись о Григории Егоровиче Малинникове 1894 года рождения. Эти данные подтверждают, что фамилия была распространена в центральной России, и её носители были крестьянами или мещанами.