Основой фамилии Малинникова послужило мирское имя Малинник. По одной из версий, фамилия Малинникова образована от имени Малинник. Кроме того, существовало прозвище Малинник, которое могло указывать как на внешность основателя фамилии (красота, миловидность), так и на особенности его характера и поведения (сентиментальность, щеголеватость). Однако не исключено, что в основе имени лежит корень «мал-» - «маленький». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малинник, со временем получил фамилию Малинникова.