Фамилия Малинникова образована от имени или прозвища Малинник. Слово «малинник» в русском языке имеет два основных значения: заросли малины и любитель полакомиться этой ягодой. Однако прямое прозвище «Малинник» могло относиться к человеку по нескольким причинам. Первая версия — по внешности или характеру: миловидного, красивого человека (как сама ягода) или сентиментального, щеголеватого. Вторая версия более прагматична — прозвище мог получить владелец малинника или сборщик малины. Третья, менее очевидная, связывает имя с корнем «мал-» (маленький), то есть Малинником могли назвать невысокого человека. В любом случае, потомка человека с таким прозвищем или мирским именем стали называть Малинниковыми.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к типичной русской модели на -ов/-ев. Суффикс -ник- в основе указывает на лицо, связанное с местом или действием (как Садовник, Огородник), а окончание -ов добавляет значение принадлежности: «сын Малинника». Форма Малинникова — женский вариант фамилии, но в истории рода все мужчины носили фамилию Малинников.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где малина — традиционная лесная ягода. Встречаются однокоренные фамилии: Малинкин, Малинов, Малин. Отличие Малинникова в том, что она образована не напрямую от ягоды, а от производного слова «малинник», что делает её более конкретной и, возможно, указывает на занятие предка.