Фамилия Малинниковы образована от мирского имени или прозвища Малинник. В русской ономастике это типичная «вотчинная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: Малинников — значит «сын Малинника». Суффикс -ов указывает на принадлежность, закрепляя прозвище или нецерковное имя родоначальника за его потомками.

Значение прозвища Малинник неоднозначно. Самая прямая версия — связь с малиной: так могли назвать человека, жившего у малинника, собиравшего или торговавшего ягодой. Но есть и другая линия: корень «мал-» (маленький) мог дать уменьшительно-ласкательную форму Малинник, то есть «малыш». В старину такие имена-обереги давали, чтобы обмануть злых духов, — считалось, что имя «маленький» отведёт от ребёнка болезни. Третья версия связывает прозвище с внешностью или характером: «малинник» в народной речи иногда означало «щеголь», «сладкий, приятный человек» или, наоборот, «сентиментальный», «размазня». Какая из трактовок верна для конкретной ветви рода, без генеалогических изысканий не определить.

Фамилия Малинников — сравнительно редкая. Она не попала в списки массовых крестьянских фамилий центральной России, чаще встречается в старообрядческих слободах и на Русском Севере. Это косвенно указывает, что прозвище Малинник могло быть не столько «ягодным», сколько личным, внутрисемейным. В писцовых книгах XVI–XVII веков имя Малинник встречается единично, что подтверждает его нецерковное, бытовое происхождение.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне, Малинниковы — почти наверняка крестьянский или посадский род. Фамилия закрепилась в среде, где отчество или прозвище отца превращалось в наследственное имя семьи. О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс шёл веками, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных губерниях.