Фамилия Малкенбург звучит для русского уха как чужеродная, и это верное первое впечатление. Это типичная немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия, образованная по топонимическому принципу: от названия населённого пункта. В основе лежит немецкое «Malken» (возможно, вариант «Malke» — женское имя или искажённое «Mahl»/«Malken» как указание на мельницу) и «Burg» — крепость, замок, укреплённый город. Таким образом, Малкенбург — это «замок Малке» или «крепость у мельницы».

Самый правдоподобный вариант происхождения — название конкретного места. В Германии существует несколько крошечных деревень и замков с корнем «Malk», например, Мальхов (Malkow) в Мекленбурге-Передней Померании, но точного населённого пункта «Малкенбург» в современных атласах не найти. Скорее всего, фамилия закрепилась за выходцем из утраченного или переименованного хутора, либо является искусственной, «кабинетной» фамилией, которую в XVIII-XIX веках давали евреям при получении обязательных фамилий в германских землях и Российской империи. В таких случаях чиновник часто соединял два произвольных корня, чтобы создать звучную, «благородную» фамилию с компонентом -бург.

Модель образования проста и прозрачна: основа (топоним) + нулевой суффикс. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ин, немецкие фамилии на -бург не склонялись по падежам в мужском роде, что создавало путаницу в русских документах: «я у Малкенбурга», а не «у Малкенбурга» (как было бы с фамилией Иванов). В русском языке фамилия закрепилась в мужском роде как склоняемая (Малкенбург, Малкенбурга), но в женском роде не склоняется (Анна Малкенбург, у Анны Малкенбург).

Сословная принадлежность носителей могла быть разной. Если фамилия немецкая по происхождению, её предки — скорее всего, горожане или обедневшие дворяне, владевшие небольшим замком или мызой. Если еврейская (что встречается чаще в восточноевропейских записях), то это указывает на семью, жившую в местечке или городе, где была крепость, либо получившую фамилию по названию ближайшего замка. В метрических книгах XIX века фамилия Малкенбург встречается среди мещан и купцов западных губерний Российской империи (Волынская, Киевская, Подольская губернии), что подтверждает её миграционный характер. Однофамильцы сегодня встречаются в России, на Украине и в Израиле, но фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.