Фамилия Малкенов — редкая и неочевидная, и её происхождение стоит искать не в одном корне, а в нескольких возможных источниках, которые различаются по географии и вероятности.

Первое, что бросается в глаза, — основа «Малк-». Она может восходить к тюркскому слову «мал» (скот, имущество) или к имени Мал, Малка. В осетинском языке «малк» означает «звезда», что тоже могло стать прозвищем или личным именем. Однако самый прямой путь — к калмыцкому или монгольскому имени Малке (Малка), которое в свою очередь связано с буддийским санскритским именем Маллика (один из эпитетов Будды). Это указывает на возможное происхождение фамилии среди калмыков или бурят, где такие имена встречаются.

Вторая версия — отчество от прозвища Малка, которое на Руси давали человеку маленького роста или младшему в семье (от слова «малый»). В таком случае фамилия образовывалась через суффикс -ов: Малка → Малкин или Малкенов. Вариант с -енов встречается реже, но возможен как диалектное или фонетическое искажение в записях. Например, в некоторых говорах фамилии на -ин могли переходить в -енов под влиянием местного произношения или при переписи.

Третий, более экзотический вариант — связь с тюркским «малк» (свет, сияние) или кавказским «малк» (солнце). В осетинской мифологии Малк — это солнце, и фамилия Малкенов могла возникнуть у осетин как патроним от имени Малк. Однако суффикс -ов скорее характерен для русской или тюрко-славянской среды, чем для осетинской, где распространены фамилии на -ты, -он.

География фамилии сегодня размыта. Встречается она в основном в России — среди калмыков, в Астраханской области, а также у русских в Поволжье и на Урале. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного рода или переселенцев.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение: фамилия Малкенов — это русифицированное отчество от калмыцкого или монгольского имени Малке (Малка), которое закрепилось за потомками носителя этого имени. Русская версия от прозвища «Малка» менее вероятна из-за нестандартного суффикса -енов, но полностью исключать её нельзя — в архивных записях XIX века встречаются единичные случаи, когда фамилии на -ин переписывались как -енов по ошибке или из-за особенностей почерка.