Фамилия Малкеев — редкая и неочевидная для разбора. На первый взгляд в ней слышится что-то «инородное», вроде кавказского или тюркского корня, и эта догадка близка к истине, хотя фамилия давно и прочно обрусела.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Малкеев — сын Малкея. Основа Малкей — это, скорее всего, адаптированная на русской почве форма тюркского имени Малке или Малкай. В тюркских языках «мал» означает «скот», «имущество», «богатство», а аффикс -кей/-кай может придавать имени ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, имя Малкай могло означать «богатенький», «сытый», «имеющий достаток» — типичное пожелательное имя, какими нарекали детей, чтобы у них в жизни всё было.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с именем Малх (в библейской традиции — Малх, слуга первосвященника). Однако для русской ономастики такой путь нехарактерен, и тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Малкеев встречается в основном в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского населения с татарами, башкирами и другими тюркскими народами. Встречается она и у крещёных татар, и у русских, чьи предки в XVI–XVII веках перенимали имена от соседей. В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми «по прибору» (стрельцы, казаки), поскольку фамилии на -ев в этой среде формировались массово в XVII–XVIII веках.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к еврейскому имени Малка (что значит «царица») — это совсем другой корень и другая среда бытования. В русских документах форма Малкеев закрепилась именно с суффиксом -ев, а не -ин, что подтверждает её происхождение от мужского имени (Малкей, а не Малка).