Фамилия Малакеев образована от имени Малакей. По одной из версий, оно восходит к турецкому слову malak – «буйволенок». Имена, в основе которых лежит название детеныша какого-либо животного, довольно популярны на Востоке. Согласно другой гипотезе, Малакей — вариант имени Малахий, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий».