Фамилия Малакей — редкий случай, когда на слух она звучит почти как украинская или польская (ср. Малакевич, Малаховский), но по форме напоминает «окаменевшее» прозвище в именительном падеже, без привычного суффикса -ов/-ев. Такие фамилии — «несклоняемые» по происхождению — чаще встречаются у украинцев, белорусов и южных русских, где прозвище просто записали как есть: Малакей, а не Малакеев. Но есть и другая версия: в некоторых говорах форма на -ей могла возникнуть из крестильного имени Малахия (от др.-евр. «посланник Бога»). В народном произношении Малахия превращалось в Малахея, а затем в Малакея — отсюда и фамилия.

Если отталкиваться от прозвищной основы, то «малакей» в южнорусских диалектах — это «малорослый, невзрачный человек» или, наоборот, «молокосос» (от «малый»). В украинском языке «малакай» — то же, что «молокосос» или «несмышлёныш». Таким образом, фамилия могла закрепиться за невысоким мужчиной или за младшим в семье. Редкий суффикс -ей (вместо обычного -ев) указывает на то, что фамилия не прошла через стандартную патронимическую обработку: её не «притянули» к отцу (Малакеев сын), а оставили в исходной форме, что характерно для прозвищ, ставших фамилиями в XVI–XVII веках на юге России и в Беларуси.

Встречается фамилия преимущественно в Черноземье и на Кубани, а также среди потомков переселенцев из Малороссии. В дореволюционных переписях Малакеев встречается чаще, а Малакей — штучная форма, что делает её ценной для генеалогов: носители, скорее всего, происходят из одного корня, не размытого массовым суффиксом. Спорных версий немного: иногда фамилию ошибочно связывают с тюркским «малакай» (головной убор), но для русской антропонимии это маловероятно — прозвище по шапке давало бы форму Малакаев или Малакайкин, а не чистое Малакей.

Таким образом, искать предков Малакей стоит в среде крестьян или казаков юга России, где прозвище закрепилось за человеком невысокого роста или младшим в роду, а фамилию записали так, как слышали — без лишних суффиксов, сохранив её первозданный облик.