Фамилия Малаке — редкий случай, когда географический и языковой след перевешивает прозрачность корня. Если смотреть на суффикс, то бросается в глаза окончание -е. В русской модели фамилий такой финал почти не встречается: исконные русские фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский или -их. -е характерно для фамилий украинских (в родительном падеже единственного числа: Малак — сын Малака, отсюда Малаке) или для молдавско-румынских, где -е — типичное окончание фамилий (сравните с Добре, Руссу, Лупе). Поэтому первая и самая вероятная версия: фамилия имеет украинские или южнорусские корни, а её обладатели происходят из регионов, где украинская ономастическая традиция была сильна.

Основа «Малак» вызывает несколько гипотез. Самая прозрачная — от слова «малак» как варианта «малек», то есть маленькая рыбка, молодь. В этом случае прозвище Малак мог получить либо невысокий, щуплый человек, либо рыбак, промышлявший мелкой рыбой. Вторая версия — связь с именем Малахия (в народной форме Малакей, Малак), что давало уменьшительное Малак. Третья, более экзотическая, — тюркские корни: «малак» в некоторых тюркских языках означает «скот», что могло превратиться в прозвище пастуха или скотовода. Но для центральной России и Украины версия с рыбкой или уменьшительным от имени выглядит убедительнее.

С точки зрения словообразования, фамилия Малаке — это форма родительного падежа от прозвища Малак. Если бы фамилия закрепилась в русском языке, она почти наверняка превратилась бы в Малаков (с суффиксом -ов). Сохранение окончания -е указывает на то, что фамилия писалась и передавалась в той среде, где украинская грамматика была нормой: в реестрах казаков, в метрических книгах южных губерний. Это сразу сужает круг поиска для предков — не вся Россия, а скорее Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина или Кубань.

Интересно, что фамилия малозаметна в современных телефонных справочниках и базах данных. Она не массовая, не «дворянская» и не «купеческая». Скорее всего, это фамилия крестьянская или казачья, возникшая в XVIII–XIX веках, когда прозвища окончательно закреплялись за родами. Встречаются единичные носители в Краснодарском крае и на Украине. Никаких громких исторических персонажей с такой фамилией не известно — и это нормально: большинство русских фамилий именно такие, бытовые, без пышной биографии.