Фамилия Малаенко звучит на украинский лад, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, характерный для восточных и центральных областей Украины, указывает на происхождение от прозвища или имени отца. Такие фамилии в XVI–XVIII веках закрепились за казаками, мещанами и крестьянами, а позже распространились по всей Малороссии и на юг Российской империи.

Основа фамилии — Малай. Это древнее прозвище, которое могло иметь два значения. Первое и самое очевидное — от прилагательного «малый»: так называли невысокого, худощавого или младшего по возрасту человека. Второе — от тюркского слова «малай» (мальчик, парень, слуга), которое принесли на южные земли крымские татары и ногайцы. В украинских говорах «малай» иногда означало «малыш» или «подросток», но могло быть и именем-оберегом: родители нарочно называли сына «малым», чтобы уберечь от болезней.

Модель образования проста: к основе Малай добавили патронимический суффикс -енко, означающий «сын Малая» или «потомок Малая». Если бы фамилия сложилась в великорусских землях, она звучала бы как Малаев или Малайкин. Выбор именно украинской формы говорит о том, что предки носителя фамилии жили в зоне влияния казацкой культуры, скорее всего на Полтавщине, Черниговщине или в Слобожанщине.

Интересно, что фамилия Малаенко встречается реже, чем Маленко или Малайко. Это говорит о том, что основа Малай не была такой частой, как, скажем, «мал» в чистом виде. Возможно, прозвище Малай закрепилось за конкретным родом, который вёл происхождение от человека с необычной внешностью или социальным статусом — например, от младшего сына в семье, которого так и прозвали в отличие от старших братьев.

Сословная принадлежность у фамилии не зафиксирована жёстко. Среди Малаенко встречались и казаки, и крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что типично для фамилий на -енко: они оставались «народными» и не претендовали на аристократический статус.