Фамилия Малкес образована от женского имени Малка, которое в свою очередь берет начало от идишского существительного «малка» — «королева, владычица». Такое имя давали девочкам, желая им благополучной и достойной жизни. Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий: суффикс -ес указывает на патронимическое происхождение, типичное для еврейских фамилий Восточной Европы. По сути, Малкес означает «сын (или потомок) Малки».

В отличие от славянских фамилий на -ов или -ин, которые часто закреплялись за целыми родами, фамилии с суффиксом -ес фиксировали прямую связь с именем матери. Это говорит о том, что в основе могла лежать матрилинейная традиция или простое бытовое прозвище по матери, если она была уважаема или известна в общине. Географически фамилия Малкес встречается в записях XIX века на территории современных Польши, Украины и Беларуси — в тех регионах, где было сильно влияние еврейских общин, говоривших на идише.

Стоит различать фамилию Малкес и созвучную ей Малкин. Вторая образована через славянский суффикс -ин и тоже от имени Малка, но распространена шире и чаще встречается у русских и украинцев. Малкес — вариант, сохранивший исходную идишскую огласовку и формант, что делает её более точным маркером ашкеназского происхождения. Никакой связи с тюркскими или кавказскими корнями у этой фамилии нет, несмотря на внешнее сходство с некоторыми фамилиями Кавказа.