Фамилия Малькенов — одна из тех, где кажущаяся простота обманчива. На первый взгляд она похожа на типичную патронимическую фамилию на -ов, образованную от имени или прозвища Малькен. Но именно это исходное слово и ставит перед исследователем несколько загадок.

Самый вероятный путь образования — от тюркского имени Малке́н (Малькен). В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, имя Малке́н восходит к слову «мал» (скот, богатство) с уменьшительным суффиксом. Дословно — «скотёнок», но в переносном смысле это означало «богатенький», «владелец скота», а в кочевой культуре скот был главным мерилом достатка. Фамилия Малькенов, таким образом, могла изначально означать «потомок Малькена», то есть человека, получившего имя-пожелание богатства.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с еврейским именем Малкиель (Малкиэль), означающим «Бог — мой царь». В некоторых диалектах идиша и в бытовой записи могла произойти редукция: Малкиель → Малкель → Малькен. Однако эта гипотеза слабее: фамилии на -ов крайне редки в ашкеназской традиции, где чаще встречаются суффиксы -ман, -зон или -берг.

Географически фамилия Малькенов встречается в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — регионах, где веками жили тюркские народы и где русское население активно смешивалось с башкирами и татарами. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Малькеновъ, а также как Малкин — из-за путаницы между суффиксами -ин и -ов при адаптации тюркских имён.

Интересная деталь: в отличие от фамилий типа Мальков (от имени Малько), где основа ясна и славянская, Малькенов стоит особняком. Суффикс -ен- в основе (Мальк-ен-) не характерен для русских уменьшительных форм. Это ещё один аргумент в пользу заимствования: тюркское имя уже содержало этот суффикс, и русская канцелярия просто добавила к нему родовое окончание -ов. Так что носитель фамилии Малькенов с высокой долей вероятности происходит из семьи, где предок носил тюркское имя со значением «богатый скотом».