Фамилия Малхов — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, прозрачна, но происхождение упирается в два совершенно разных корня. Чаще всего её связывают с крестильным именем Малх. Это имя греческого происхождения (Μάλχος), восходящее к семитскому слову «мелех» — «царь». В церковном календаре почитается святой Малх, монах IV века, память которого приходится на 26 марта. Таким образом, фамилия могла возникнуть от просторечной формы этого имени: Малх — Малхов сын, то есть «потомок Малха». Такая модель образования с суффиксом -ов типична для русских фамилий, образованных от полных или сокращённых канонических имён.

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия, связанная не с именем, а с прозвищем. В южнорусских и украинских говорах слово «малх» или «мальх» могло означать «малорослый человек», «коротышка» (от общеславянского «малый»). В этом случае фамилия Малхов — отчество от прозвища Малх, которое дали невысокому или молодому на вид человеку. Интересно, что в белорусском языке слово «малх» имеет и другое значение — «тихоня», «нелюдим». Если предок был молчаливым и замкнутым, прозвище могло закрепиться именно за ним.

С точки зрения географии, фамилия Малхов встречается крайне неравномерно. Основной ареал — западные и южные регионы России, а также Беларусь и Украина. Встречается она и у евреев-ашкеназов, но там она, скорее всего, является вариантом фамилии Малкин или Малкович, образованной от имени Малка (женский вариант имени Мелех). Для русской фамилии характерна именно форма «Малхов», а не «Малков», что указывает на сохранение древней основы без смягчения согласного.

Спор между версиями решается просто: обе имеют право на жизнь, и без генеалогического исследования невозможно сказать, какой именно Малх — библейский царь или низкорослый сосед — стал родоначальником. Уникальность фамилии в том, что она не получила массового распространения, в отличие от «Малкова» или «Малышева». Это говорит о том, что исходное имя или прозвище было редким или локальным, не вышло за пределы одной семьи или небольшой местности.