Фамилия Малмаков — редкий пример, где географический разбор даёт больше, чем попытка подобрать прозвище. Фамилия почти не встречается за пределами Сибири и Дальнего Востока, а её ядро — Иркутская область, Забайкалье и Якутия. Эта локализация наводит на мысль, что перед нами не славянское прозвище, а русифицированная форма местного имени или прозвища.

Самый вероятный источник — тюркское или монгольское слово «малмак». В ряде тюркских наречий «малмак» означает «глуповатый», «простак», «неповоротливый». В сибирском контексте такое прозвище могло закрепиться за человеком, который не отличался расторопностью, или, наоборот, — ироничное прозвище для хитрого и ловкого. Суффикс -ов в фамилии Малмаков — типичный русский патронимический формант, который «пришивали» к иноязычным основам при крещении или записи в ревизские сказки. То есть фамилия образована по модели «сын Малмака».

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с коми-пермяцким словом «малм» (ягода, малина). В этом случае Малмак — прозвище сборщика ягод или человека, жившего на малиннике. Однако коми-пермяцкие фамилии обычно имеют суффиксы -ев, -ин, а не -ов, и их ареал — Пермский край, а не Восточная Сибирь. Поэтому тюрко-монгольская версия выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах Иркутской губернии фамилия фиксируется с середины XIX века. Носители её — в основном государственные крестьяне и казаки. Сословной элиты среди Малмаковых не было: фамилия осталась в среде простого сельского и служилого люда. Встречается также вариант написания «Молмаков», но он редок и, скорее всего, следствие акающего произношения.

Таким образом, фамилия Малмаков — сибирская по месту возникновения, с тюркской основой и русским оформлением. Предки её носителей, вероятно, были крещёными бурятами, якутами или тюрками, которые получили фамилию по прозвищу, данному за характер или внешность.