Фамилия Малофиенко звучит для русского уха как что-то малороссийское, и это верное направление. Это типичная украинская фамилия, которая образована по продуктивной модели на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Малофиенко — буквально «сын Малофия» или «человек из рода Малофия».

В основе фамилии лежит личное имя Малофий. Это народная, обиходная форма канонического крестильного имени Малахия (от древнееврейского «посланник Бога») или, что более вероятно для украинской традиции, искаженная форма имени Мефодий (греч. «методичный», «упорядоченный»). В южнорусских говорах и в украинском языке звук «ф» часто заменял «хв» или появлялся в заимствованных именах, а ударение смещалось на первый слог: вместо Мефодий — Малофий. Таким образом, Малофиенко — это отчество от имени, которое в официальных документах могло выглядеть как Малофей или Малафей.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), украинские фамилии на -енко изначально были более «молодыми» и часто фиксировали прозвище или имя главы семьи без притяжательного суффикса. Малофиенко — фамилия потомственная, она закрепилась в XVI–XVII веках в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины, на Слобожанщине и в Полтавской губернии.

Встречается и русский вариант фамилии — Малофеев, образованный от той же основы, но по великорусской модели. Малофиенко же сохранила украинский суффикс, что сразу указывает на географию происхождения предков: скорее всего, родом из Черниговской, Киевской или Полтавской областей. Фамилия недворянская, её носители — в основном казаки и крестьяне, хотя в XIX веке отдельные ветви могли попасть в мещанское или купеческое сословие. Прозвищного значения у фамилии нет: она не связана с прилагательным «малый», а целиком произошла от личного имени.