Фамилия Малофий — редкий случай, когда славянская основа и греческое церковное имя сплелись воедино, пройдя через народную переработку. В основе лежит каноническое имя Малахия (др.-евр. «посланник Божий»), которое в русской традиции часто звучало как Малафей или Малофей. Фамилия образовалась от просторечной формы Малофий — с характерным для южнорусских и украинских говоров переходом «а» в «о» после мягкого согласного и заменой конечного «-ей» на «-ий». Таким образом, Малофий — это «сын Малофия» (человека, носившего имя Малахия в его народном варианте).

Суффикса в привычном смысле (как -ов или -ин) здесь нет: фамилия застыла в форме самого имени, что указывает на её относительно позднее происхождение — скорее всего, XVIII–XIX века, когда фамилии нередко фиксировались без дополнительных родовых окончаний. Такая модель встречается в основном у крестьянства и казачества, особенно на землях современной Украины, Беларуси и юга России.

Версия о связи с прилагательным «малый» (молодой, невысокий) маловероятна: для этого использовались суффиксы -ов/-ев (Малов, Малютин), а форма Малофий слишком близка к церковному имени Малахия, чтобы быть случайным совпадением. Зато интересна параллель с фамилией Малафеев — более частой и образованной от той же основы, но через полную форму имени. Малофий встречается реже, что делает её локальной и более ценной для генеалогии.

В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксировались преимущественно в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях — в зоне активного смешения великорусских и малорусских говоров. Предки, скорее всего, были крестьянами или казаками, а имя Малахия в народе могло ассоциироваться с библейским пророком, что иногда давало прозвище человеку набожному или строгому в вере.