Фамилия Малофеенко — типичный пример украинской фамилии, образованной от крестильного имени. В её основе лежит церковное мужское имя Малахий, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». В истории церкви известен пророк Малахия, живший в V веке до н. э.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная. Сначала полное имя Малахий в народной речи преобразовалось в более удобную форму — Малафей. В говорах с «оканьем», характерных для северных и центральных регионов, оно звучало как Малофей. От этой просторечной формы с помощью украинского патронимического суффикса -енко (означающего «сын» или «потомок») и образовалась фамилия Малофеенко. Буквально она значит «сын Малофея».

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. В XVI–XVII веках он активно вытеснял более ранние модели на -ович/-евич, особенно в среде казачества и крестьянства. Поэтому можно с высокой долей уверенности сказать, что основатель рода Малофеенко был выходцем из рабочей или крестьянской среды, а не из шляхты. Фамилия закрепилась на территории современной Украины, чаще всего в её центральных и восточных областях.

Интересно, что у этой фамилии есть несколько «двойников» с тем же корнем: Малафеев, Малафейкин, Малофеев. Но именно форма Малофеенко указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии был не просто Малафеем, а именно «Малофеевым сыном», то есть принадлежал к младшему поколению рода, когда фамилии только начинали закрепляться.