Фамилия Малофеенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Малахий. Фамилия Малофеенко образована от церковного мужского имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Малафей (в «окающих» говорах - Малофей). В истории церкви известен пророк Малахия, живший в V веке до н.э. Скорее всего, основатель рода Малофенко был выходцем из рабочей или крестьянской среды.