Фамилия Малофеек — редкий пример, когда географическое ударение вносит разночтение в этимологию. Если ударение падает на последний слог (Малофе́ек), перед нами форма родительного падежа множественного числа от прозвища или имени, застывшая в фамилии. Если на второй (Малофе́ек) — то же самое, но с иной интонацией. В любом случае, основа — «Малофей» или «Малофея».

Корень здесь — каноническое имя Малахия (др.-евр. «посланник Божий»), которое в народной русской традиции превратилось в Малафей, а затем, через аканье и упрощение, в Малофей. Форма «Малофеек» — это нестандартная модель: скорее всего, фамилия образована не по продуктивной схеме (Малофеев → сын Малофея), а как отчество в родительном падеже: «(чей?) Малофеек» — то есть «из семьи Малофея». Такое встречается в южнорусских и украинских говорах, где фамилии на -ек, -ок фиксируют прозвище или имя в исходной форме без суффикса -ов.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища «Малофеек» — человека маленького роста или с «малой» верой (от «мало веры»), но здесь лингвистически проще видеть имя.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи — Беларуси, Украине, Смоленщине, где аканье и формы на -ек распространены. В списках дворянства или купечества Малофеек не встречается: это крестьянская или мещанская фамилия, записанная при переписях «по отцу» без переделки в стандартный -ов.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Малофеев, Малафеев, Малофейкин — все от того же имени, но Малофеек уникален тем, что сохранил архаичную грамматическую форму. Это не «сын Малофея», а буквально «Малофеевых родни человек».