Фамилия Малофеевы происходит от крестильного имени Малахий (с древнееврейского — «посланник мой»). В русском быту это имя быстро обросло просторечными формами — Малафей, а в «окающих» говорах, где аканье не было нормой, закрепился вариант Малофей. Именно от этой обиходной формы и образована фамилия: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Малофея).

В словообразовании фамилии есть одна особенность, которая сразу бросается в глаза: основа Малофей- перед суффиксом теряет конечный -й, что типично для русских фамилий от имён на -ей (ср. Андреев от Андрей, Тимофеев от Тимофей). Так что Малофеев — это не искажение, а стандартная модель.

Интересно, что имя Малахий в народе иногда сближали со словом «малый» или «мало», но это ложная этимология. Никакого отношения к росту или возрасту предка фамилия не имеет — корень здесь исключительно библейский. В святцах имя Малахий встречается, но широкого распространения в крестьянской среде не получило, поэтому фамилия Малофеевы встречается реже, чем, скажем, Ивановы или Петровы.

Точное место возникновения фамилии назвать сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных губерниях. Однако по говорам можно предположить, что ядро носителей с формой Малофеев тяготеет к северным и восточным регионам России, где оканье сохранялось дольше. На юге и в средней полосе скорее закрепился бы вариант Малафеев.

В отличие от многих фамилий, образованных от полных церковных имён, Малофеевы — живой пример того, как народная речь переработала книжное имя в удобную для повседневного обихода форму. Это не просто «памятник письменности», а свидетельство живого языкового процесса, в котором фамилия застыла в том виде, в каком её произносили предки несколько веков назад.