Фамилия Малофеева образована от канонического мужского имени Малахий, которое с древнееврейского переводится как «посланник Божий». В истории церкви известен библейский пророк Малахия, живший в V веке до нашей эры. Однако в повседневном обиходе полное церковное имя приживалось с трудом — в русской среде его переделали в более удобное для произношения Малафей, а в «окающих» говорах, где вместо «а» произносили «о», оно превратилось в Малофей. Эта народная форма и легла в основу фамилии.

Сам суффикс -ев в фамилии Малофеева указывает на принадлежность: «сын Малофея» или «из рода Малофея». По модели образования это типичная патронимическая фамилия, каких много в северных и центральных областях России, где «оканье» было нормой. Интересно, что в южных и среднерусских говорах тот же корень дал бы фамилию Малафеев — обе существуют и сейчас, но первая встречается заметно реже.

Редкость фамилии Малофеева (и её мужского варианта Малофеев) связана ещё и с тем, что имя Малофей никогда не было распространённым. В святцах оно есть, но в быту его вытеснили более привычные имена. Поэтому большинство носителей фамилии, скорее всего, ведут род из одного или двух локальных гнёзд — например, из бывших новгородских или вятских земель, где «окающий» говор и любовь к старинным именам сохранялись дольше.