Фамилия Малофеев — один из примеров того, как церковное имя обрастало бытовыми формами и закреплялось в родовом прозвании. В её основе лежит крестильное имя Малахий (древнееврейское «посланник Божий»). В русской повседневности это имя звучало как Малафей, а в «окающих» говорах — как Малофей. Именно от этой народной формы и пошла фамилия: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Малофеев, то есть сын или потомок Малофея).

Интересно, что имя Малахий в церковной традиции связано с одним из двенадцати малых пророков Ветхого Завета, жившим в V веке до н. э. Однако на русской почве это высокое значение не помешало имени перейти в разряд редких и просторечных. Фамилия Малофеев встречается в основном в регионах с историческим «оканьем» — например, в северных и центральных областях России, где аканье не было распространено.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: от полной формы имени через суффикс -ев. Это отличает фамилию от вариантов на -ин (Малофеин), которые могли бы возникнуть от прозвища или от другой основы. В ономастических справочниках фамилию Малофеев обычно не относят к числу самых частых, но она устойчиво фиксируется в документах XVIII–XIX веков, особенно среди крестьян и мещан. Таким образом, предки носителей фамилии — скорее всего, люди, носившие имя Малофей в быту, а не в официальной церковной записи.