Фамилия Малофей — один из примеров того, как церковное имя в народной речи обрастало диалектными чертами и в итоге закрепилось в документах в неожиданном виде. В её основе лежит каноническое мужское имя Малахий. С древнееврейского оно переводится как «посланник Божий» — это имя носил библейский пророк, живший в V веке до нашей эры, последний из малых пророков Ветхого Завета.

Но в быту полная церковная форма приживалась с трудом. На русской почве имя упростили до Малафей, а в регионах с «оканьем» — там, где говорили не «малако», а «молоко», — гласная в начале слова закономерно изменилась. Так появился вариант Малофей. Он и лёг в основу фамилии без дополнительного суффикса: по модели, когда прозвище или имя отца переходило потомкам почти без изменений (ср. Вахрамей, Артамон). Фамилии на -ей встречаются реже, чем на -ов или -ин, и это сразу выделяет Малофея среди более типичных русских фамилий.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: здесь нет ни патронимического суффикса, ни окончания, указывающего на принадлежность. Это так называемая «полуотчество» или фамилия в чистой основе — явление, характерное для южнорусских и украинских земель, где могли записать человека просто по отцовскому имени. Поэтому предки носителей фамилии Малофей, скорее всего, жили в зоне «оканья» (Вологда, Кострома, Архангельск) или в регионах, где такая модель записи была обычной.

В ономастических справочниках фамилию обычно связывают именно с пророком Малахией, хотя не исключено, что в редких случаях в основе могло лежать мирское прозвище, образованное от диалектного слова «малофей» — так в некоторых говорах называли нерасторопного или невысокого человека. Но эта версия менее убедительна: имя Малахий было хорошо известно по святцам, и его народная форма даёт более прямое и простое объяснение.