Фамилия Малоханова — женская форма мужской фамилии Малоханов, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает способ образования. Суффикс -ов (в женском роде -ова) — самый распространенный в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: Малоханов буквально значит «сын Малохана» или «из семьи Малохана». Это отчество-притяжательность, типичная для крестьянской и мещанской среды, где фамилии массово закреплялись в XIX веке.

Основа — Малохан — это либо прозвище, либо неканоническое личное имя. Разберем корень «мал-», который в русских говорах не всегда означал «маленький». В диалектах, особенно на юге и в центральной России, «малый» могло быть прозвищем младшего сына, подростка или человека невысокого роста. Второй элемент «-хан» — спорный. Он может быть тюркским заимствованием (хан как титул или имя), но в русской среде такое сочетание маловероятно для прямого заимствования. Правдоподобнее версия, что «Малохан» — это народная переделка имени или прозвища, например, от греческого имени Малахия (в просторечии Малах, Малаха) с добавлением уменьшительного суффикса -ан. В этом случае «Малохан» — это «маленький Малах» или сын Малаха. Такой путь типичен: имя сперва превращалось в уличное прозвище, а затем в фамилию.

Есть и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «малохан» могло быть ироничным прозвищем для человека, который «мало хан» (то есть не важная персона, не начальник), но это скорее народная этимология, не подтвержденная источниками. Более надежно — связь с именем Малахия, которое в форме Малоха фиксируется в старых документах, например, у С. Б. Веселовского в «Ономастиконе» есть упоминание Малоха как прозвища.

Географически фамилия Малоханов (и Малоханова) встречается в основном в южнорусских и поволжских регионах, где были сильны тюркские влияния и одновременно сохранялись архаичные русские говоры. Носители фамилии в XIX веке — чаще крестьяне или однодворцы, то есть потомки служилых людей, живших на окраинах государства. Сословного разнообразия не было: это не дворянская и не купеческая фамилия, а простая, «мужицкая», что подтверждает её прозвищное происхождение.

Таким образом, Малоханова — это фамилия, образованная от прозвища или имени Малохан, которое, скорее всего, восходит к уменьшительной форме христианского имени Малахия. Предки носительницы фамилии были людьми из крестьянской среды юга России, и их прозвище могло быть дано по младшинству в семье или по росту. Никакой «тюркской знати» или экзотики в этой фамилии нет — она чисто русская по модели и бытованию.