Фамилия Малокитина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Малокитин. Это редкая фамилия, и её разбор стоит начать с неочевидного: суффикс -ин указывает на принадлежность, но не к отцу, а к матери или к более сложной модели. Обычно -ин образуется от основ на -а/-я (Сытин от Сыта, Птицын от Птица), но здесь основа — Малокитин, что выглядит как вторичное образование от Малокитин. То есть первоначально было прозвище или имя Малокита, а от него — Малокитин (чей? сын Малокиты). Женская форма Малокитина — это уже вариант для замужней женщины или дочери по документам.

Корень фамилии составной: мало- и -кит. «Мало» — очевидный компонент, означающий «небольшой по размеру, количеству или возрасту». В русских прозвищах «Малой» или «Малый» было распространено для младшего сына или низкорослого человека. Вторая часть — «кит» — вызывает вопросы. Самое простое объяснение: прозвище Кит давали крупному, массивному человеку (по аналогии с морским животным). Тогда Малокита — это «маленький кит», то есть человек невысокого роста, но с широкой костью или плотным телосложением. Такое прозвище могло быть ироничным или описательным.

Есть и другая версия, менее очевидная: «кит» могло быть диалектным словом. В некоторых русских говорах «кита» — это связка, пучок (например, кита льна). Тогда Малокита — человек, который обрабатывал или носил небольшие связки чего-то, возможно, крестьянин, занятый мелкой торговлей или ремеслом. Но эта версия слабее: фамилии от диалектных «кит» редки, а прозвище от животного встречается чаще.

Географически фамилия Малокитина встречается в центральных и северных регионах России, но в очень малом числе. В переписях XIX века она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или о том, что род был немногочисленным. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права, когда многим давали прозвищные фамилии по внешности или занятию.

Сравнение с однокоренными: есть фамилии Малокашин, Малогарин, но Малокитин стоит особняком из-за редкого второго корня. Если бы основа была от имени Кит (калька с греческого «китос» — кит, что в святцах не встречается), то фамилия была бы церковной, но это маловероятно. Так что наиболее правдоподобное объяснение — прозвище Малокита, данное человеку с контрастной внешностью: при малом росте — широкая фигура, как у кита.