Фамилия Малонога звучит как застывшее прозвище, и это именно тот случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений. В основе лежит словосочетание «малая нога». Такое прозвище могли дать человеку, у которого была маленькая ступня или короткая нога — либо как заметная физическая особенность, либо как ироничное прозвище в противовес длинноногому соседу. В русских говорах «малоногий» фиксируется именно в значении «коротконогий», так что ономастический смысл прозрачен.

Словообразовательная модель здесь редкая и архаичная. Фамилия образована не через типичные суффиксы -ов или -ин, а путём субстантивации прилагательного: прозвище Малонога стало фамилией напрямую, как, например, Сухоруков или Кривошеев. Такая модель характерна для южнорусских и украинских земель, где фамилии на -а нередко фиксировали прозвища в именительном падеже. В северных и центральных регионах России такое прозвище скорее переделали бы в Малоногов или Малоногин.

Географически фамилия встречается нечасто, но заметна в украинском и белорусском ареалах. В украинском языке слово «малоногий» — обычное прилагательное, и фамилия Малонога могла возникнуть независимо в разных сёлах. В России она редкая, и её носители, скорее всего, выходцы с юго-запада. В дореволюционных переписях фамилия почти не попадается, что указывает на её позднюю фиксацию или на то, что она бытовала в крестьянской среде, где фамилии устоялись лишь к концу XIX века.

Спорных версий происхождения практически нет. Иногда пытаются связать фамилию с диалектным «малоног» — видом растения или гриба, но такое толкование натянуто и не подкреплено источниками. Правдоподобнее всего — прямое указание на внешность предка. В словаре украинских фамилий Ю. Редько эта модель описана как типичная для прозвищ, описывающих физические недостатки или особенности. Так что Малонога — фамилия без загадок, но с характерной колоритной основой.