Фамилия Малошеня звучит как уменьшительная форма прозвища, и это верное направление для разбора. В её основе лежит прилагательное «малый» — то есть невысокий ростом, младший по возрасту или занимавший невысокое положение. Суффикс -еня в белорусской и украинской антропонимии типичен именно для ласкательных или обиходных форм: Малошеня буквально означает «маленький, малец». Сравните с фамилиями Малышонок, Малютин, Маленя — все они от той же смысловой гнезды.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: Беларусь, западные области Украины, юго-запад России. Это не случайно — суффикс -еня характерен для прозвищ, которые в XVI–XVII веках фиксировались в реестрах казаков, мещан и крестьян Полесья и Волыни. Встречается написание через «о» (Малошеня) и реже через «а» (Малошеня), но корень один.

Интересная деталь: фамилия могла образоваться не напрямую от «малый», а от прозвища Малош, которое в свою очередь — усечение от Малошей (тот, кто мало шёл, медлительный). Но эта версия менее вероятна, так как суффикс -еня обычно присоединяется к полной основе, а не к усечённой. Правдоподобнее, что Малошеня — это «сын Малого» или «маленький человек» в прямом смысле.

Среди носителей фамилии не числится громких исторических фигур, что только подтверждает её простонародное происхождение. Предки Малошени, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, которых в документах записывали по отцовскому прозвищу. Со временем фамилия закрепилась и перестала восприниматься как описательная — сегодня она звучит как обычная, хоть и редкая, фамилия.