Фамилия Малошенко — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -енко. Это суффикс украинского происхождения, который в XVI–XVII веках активно использовался для образования фамилий по отчеству: сын такого-то. В дословном переводе Малошенко — «сын Малого» или «потомок Малого». Основа здесь — прозвище Малый, которое в старину давали невысокому человеку, младшему в семье или несовершеннолетнему. В украинской антропонимии прозвище Малий было распространено повсеместно, и фамилии на -енко от него встречаются в разных вариациях: Маленко, Малюк, Малюта.

Интересная деталь: в фамилии Малошенко мы видим нестандартное чередование. Обычно от основы «мал» образуют форму Маленко (с суффиксом -енко). Здесь же появился звук «ш» — Малошенко. Лингвисты объясняют это влиянием западноукраинских говоров, где фамилии на -шенко встречаются чаще (сравните с Тимошенко, Давиденко и Давидошенко). Такая форма могла возникнуть как вариант отчества от имени Малош или уменьшительного Малоша, где «ш» — часть основы, а не суффикса. Однако более вероятно, что «ш» появилось под влиянием народной этимологии или просто как диалектная черта: в некоторых регионах Украины суффикс -енко переходил в -шенко для благозвучия.

Географически фамилия Малошенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В переписях и метрических книгах эта фамилия фиксируется в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Социально носители фамилии в основном были казаками или крестьянами: прозвище Малый не указывает на знатное происхождение, а скорее на бытовую характеристику человека.

В русской среде фамилию могли адаптировать, добавив окончание -ов: Малошенков. Такая форма встречается в курских и воронежских говорах, где украинские фамилии русифицировались. Но исходный вариант Малошенко остался самым распространённым. В отличие от фамилий вроде Малых или Малов, которые закрепились в северных регионах, Малошенко — маркер южного, украинского корня.