Фамилия Малош — редкий случай, когда прозвище или мирское имя почти полностью вытеснило в памяти исходный смысл. Самая прямая версия: в основе лежит прилагательное «малый». В древнерусской традиции родители часто не подбирали ребёнку отдельное имя, а называли по самому заметному признаку — Малыш, Малош. Такие имена-характеристики не считались обидными, они просто фиксировали внешность или возраст.

По второй версии, Малош — не имя, а прозвище взрослого человека. Его мог получить невысокий ростом мужчина. В среде, где фамилии только начинали закрепляться, прозвище легко переходило на потомков без изменений.

Есть и третья гипотеза, менее очевидная. Малош могло быть народной, сокращённой формой церковного имени Малахий. В переводе с древнееврейского Малахий означает «посланник Божий». Такое переосмысление встречается нередко: длинное и непривычное имя в быту укорачивали до созвучного простого слова.

С точки зрения словообразования, фамилия Малош не имеет типичного русского суффикса -ов или -ин. Это указывает на то, что она закрепилась в той форме, в какой её носил первый носитель — без дополнительной перестройки. Такие «голые» фамилии чаще встречаются на западе и юге России, в украинских и белорусских говорах, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Какую из трёх версий считать основной, зависит от региона. Если предки жили в зоне активного церковного влияния, форма от Малахия правдоподобна. Если фамилия бытовала в крестьянской среде, скорее всего, перед нами просто «малый» человек — по росту или возрасту.