Фамилия Маловицин образована от прозвища или нецерковного имени Малой, Маловица. В её основе — прилагательное «малый» в значении «невысокий ростом», «младший по возрасту» или «незначительный по положению». В русских говорах слово «малой» часто закреплялось за младшим сыном в семье, которого так и звали в быту, чтобы отличать от старших братьев. Фамилия относится к типичной патронимической модели на -ин: суффикс указывал на принадлежность — «чей сын?» — «Маловицын», то есть сын Маловицы. Со временем написание могло упроститься до современного варианта Маловицин.

Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в России встречаются деревни с названием Маловица (например, в бывшей Вятской губернии). В таком случае фамилия могла закрепиться за выходцем из этого селения. Однако географическая привязка для фамилий на -ин вторична: в подавляющем большинстве случаев они образуются от личных имён и прозвищ, а не от названий мест.

Интересная деталь — суффикс -иц- в основе. В отличие от более частого -ов- (Малов), модель на -иц- (Маловица) встречается реже и характерна для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских и вятских земель. Это указывает на возможное происхождение рода из этих регионов. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская: в старых переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у посадских людей и государственных крестьян.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Малов, Малых, Малютин — показывает, что Маловицин стоит несколько особняком. У неё более архаичная и «длинная» форма, которая могла возникнуть в результате вторичного переоформления: отчество от прозвища Малой → Маловица, а уже от него — фамилия Маловицин. Такие цепочки — признак раннего закрепления фамилии, до того как основная масса крестьян получила фамилии в XIX веке.