Фамилия Мальшакова — женская форма, а её основа — мужское прозвище или нецерковное имя Мальшак. В русской традиции такие фамилии на -ов/-ев образовывались как притяжательные прилагательные, отвечающие на вопрос «чей?»: Мальшакова буквально означала «жена или дочь Мальшака».

Само прозвище Мальшак — неоднозначное, и у него есть как минимум две версии происхождения. Первая отсылает к ремеслу. Согласно «Толковому словарю живого великорусского языка» В. И. Даля, слово «малье» означало «колотые бревна на поделки» — то есть короткие обрубки дерева, заготовки для мелких изделий. Если прозвище Мальшак дали человеку, работавшему с таким материалом, то предок Мальшаковых мог быть плотником, бондарем или резчиком по дереву.

Вторая версия — уменьшительно-ласкательная. Прозвище могли образовать от прилагательного «малый» с помощью суффикса -шак, который в народной речи придавал слову оттенок ласки или фамильярности (ср. «мальшак» как «малыш, мальчуган»). В крестьянских семьях такое прозвище часто давали младшему ребёнку или просто невысокому, щуплому мужчине. Со временем оно закрепилось как фамильное имя.

Фамилия Мальшакова — довольно редкая. Её ареал, судя по современным данным, тяготеет к северным и центральным регионам России, где сохранились архаичные суффиксы и диалектная лексика. Обе версии — и «ремесленная», и «прозвищная» — имеют равное право на существование, но вторая (от «малый») выглядит чуть более вероятной: суффикс -шак типичен именно для русских прозвищ, а не для названий профессий.