Фамилия Мальшаков образована от прозвища Мальшак. Возможно, оно происходит от слова «малье», которое, согласно «Толковому словарю живого великорусского языка» В.И. Даля означает «колотые бревна на поделки». Поэтому можно предположить, что основатель рода Мальшаковых занимался резьбой по дереву. Согласно другой версии, прозвище Мальшак восходит к прилагательному «малый». Традиция давать ребенку ласкательное подобное прозвище имеет давние корни. В семьях ребенка часто называли просто Мальшаком (или Малым). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мальшак, со временем получил фамилию Мальшаков.