Фамилия Малукас — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа и суффикс сразу выдают нерусское происхождение: окончание -ас типично для литовских и латышских фамилий (ср. Балтрушайтис, Садаускас). В русской среде такие фамилии — следствие многовекового соседства с балтийскими народами, особенно в западных губерниях (Виленской, Ковенской, Гродненской) и в пограничных районах современной России, например, в Псковской или Смоленской областях.

Основа «Малук-» восходит к литовскому личному имени или прозвищу. Самый прямой путь — к литовскому malūkas («мельник») или malūnas («мельница»). В литовской традиции фамилии на -ас часто образовывались от названий занятий: Малукас мог означать «сын мельника» или просто «мельник». Есть и другая версия: от уменьшительной формы имени Малукас, произведённой от христианского имени Малахия или Малх (оба через греческое посредство), но она менее вероятна, так как в Литве такие имена давали редко.

В русском быту фамилию могли русифицировать, меняя окончание на -ов или -ин: Малукасов, Малукин. Но если в документах сохранилась форма Малукас, это указывает на то, что предок в XIX веке жил на территории, где литовский язык и традиция записи фамилий без изменений были нормой. Среди носителей фамилии встречаются и потомки литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в ходе столыпинской реформы.

Социальный слой предков — скорее всего, крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся малочисленной: по открытым данным, её носят не более нескольких сотен человек, в основном на северо-западе страны.