Фамилия Малука — прозвищная. В её основе, скорее всего, украинское слово «малюк» — «маленький ребёнок». Такое прозвище в семье могли дать младшему сыну или просто любимому чаду: ребёнка в быту часто называли Малой, Малец, Малюк. Со временем это обращение закрепилось за человеком на всю жизнь и перешло в фамилию.

Не исключено, что прозвище закрепилось за взрослым человеком — из-за маленького роста или «ребяческого» поведения. В обоих случаях модель прозрачна: основа «мал-» с уменьшительным суффиксом -ук/-юк, который в украинской ономастике типичен для фамилий (ср. Бондарук, Ковалюк). Фамилия оформилась без дополнительного русского суффикса -ов/-ин, что указывает на её украинское или белорусское происхождение.

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна: от эстонского mälukas — «памятливый». По этой гипотезе Малукой называли человека с хорошей памятью или того, кто чтил предков. Однако для такой версии нет убедительных исторических или географических оснований: фамилия встречается в украинских и белорусских регионах, где эстонское влияние маловероятно. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение.

География фамилии — преимущественно западные и центральные области Украины. Встречается и в Польше в форме Małuka. В России фамилия редкая, обычно у потомков переселенцев с Украины.