Фамилия Малюканова — женская форма от мужской фамилии Малюканов, и её происхождение почти наверняка связано с прозвищем или именем, образованным от корня «мал-». Основа здесь — не столько размер, сколько социальный или семейный статус: в русских говорах «малюк» или «малёк» означало младшего сына, подростка, малорослого человека, а иногда и просто «малыша» — ласковое обращение к ребёнку. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был либо младшим в семье, либо невысоким ростом, либо получил прозвище в детстве, которое закрепилось за ним на всю жизнь.

Словообразовательная модель проста и типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- (в женской форме -ова) присоединяется к основе прозвища Малюкан. Суффикс -ан в данном случае — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, характерный для разговорной речи (сравните: «малец» — «мальчуган»). Фамилии с таким окончанием часто встречались в крестьянской среде, где прозвища давали по внешним признакам или положению в семье, и редко — среди дворянства, которое предпочитало более книжные формы.

География фамилии Малюканова неширокая и тяготеет к центральным и южным регионам России, а также к Поволжью. Встречается она и на Украине, где аналогичный корень дал фамилии Малюк, Малюченко. По данным переписей и метрических книг, наибольшая концентрация носителей фиксируется в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях — это районы, где исторически было много однодворцев и государственных крестьян, чьи фамилии складывались из бытовых прозвищ.

Любопытная деталь: фамилия могла возникнуть и от канонического имени Емельян в его просторечной форме Малюк. В некоторых говорах имя Емельян сокращали до Малюха, Малюшка, а оттуда до Малюка — такой путь ономасты фиксируют для ряда фамилий на -юк и -анов. Однако эта версия менее вероятна, потому что в документах XVII–XVIII веков прозвище «Малюк» встречается как самостоятельное, без связи с крестильным именем. Например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне Малюк Иванов — здесь прозвище явно описывает человека, а не заменяет имя.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Малюков, Малюгин, Малютин — то Малюканова стоит особняком из-за суффикса -ан-, который придаёт основе более разговорный, почти фамильярный оттенок. В XIX веке такие фамилии могли писаться через «о» (Малюканов) или через «а» (Малюканов), но современное написание закрепилось с буквой «а» в середине, что характерно для южнорусского акающего произношения.