Фамилия Малюточкина — женская форма фамилии Малюточкин, и её разбор начинается с неожиданной стороны: с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин (Малюточк-ин) обычно указывает на принадлежность «сын такого-то» или «жена такого-то», но здесь основа не мужское имя, а прозвище или уменьшительное имя. Вторая необычность — суффикс -очк-, который в фамилиях встречается редко: он характерен для ласкательных форм имён (Малюточка, как Алёшка — Алёшечка). То есть фамилия образована не напрямую от слова «малютка», а от его ещё более мягкого, «сюсюкающего» варианта — Малюточка. В документах XVII–XVIII веков такие формы фиксировали как прозвища для младших детей или людей маленького роста, но с оттенком нежности, а не насмешки.

Основа фамилии — прилагательное «малый» или существительное «малюта». Сравните с фамилиями Малютин, Малюков, Малюшкин. Все они восходят к корню «мал-», но Малюточкин стоит особняком: если Малютин — от имени Малюта (возможно, прозвище опричника Григория Лукьяновича Скуратова-Бельского, известного как Малюта Скуратов), то Малюточкин — от уменьшительно-ласкательной формы. Малюта — это «маленький», но грубовато, а Малюточка — «крошечный, родной». В старых писцовых книгах встречаются крестьяне с прозвищем Малюточка, например, в Новгородской земле XVI века.

Географически фамилия Малюточкин (и Малюточкина) тяготеет к северо-западу России: Вологодская, Архангельская области, а также к Поволжью. Это не случайно — в северных говорах слово «малюточка» бытовало дольше, чем в центральных, и сохраняло именно ласкательный смысл. В южных регионах чаще встречаются формы Малюта, Малютин.

По сословной принадлежности носители фамилии Малюточкины в XIX веке — в основном крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что логично: прозвище «малюточка» слишком простонародное для аристократической среды. Однако в метрических книгах середины XIX века можно найти Малюточкиных среди государственных крестьян Тверской губернии и мещан города Рыбинска.

Есть и спорный момент: некоторые исследователи связывают фамилию с украинским или белорусским словом «малюта» — «рисунок, картинка» (от «малювати» — рисовать). Однако эта версия слаба: во-первых, суффикс -очк- нехарактерен для западнорусских фамилий, во-вторых, в украинских фамилиях на -ин обычно ударение падает на последний слог (Малюти́н), а в Малюточкине — на второй (Малю́точкин). Так что основа — точно русское «малый».

Итог: фамилия Малюточкина — редкий случай, когда прозвище несло не уничижительный, а почти домашний, ласковый смысл. Предки носительницы этой фамилии были, скорее всего, младшими в семье или людьми небольшого роста, которых в деревне называли не обидным «Малой», а трогательным «Малюточка».